En 1959 por ordenanza # 21 de la Asamblea Departamental de Antioquia por la cual reorganiza la secretaria de educación pública y se dictan otras disposiciones, con el nombre de escuela urbana de varones.

En 1960 mediante acuerdo municipal se le dio el nombre de escuela urbana de varones SAMUEL BARRIENTOS RESTREPO. En 1963 por acuerdo municipal # 007 de enero 22 se crea la escuela urbana integrada FRANCISCO DE PAULA  SANTANDER; época en la cual se contaba con los grados 1º,2º,3º,4º,5º. En 1996 mediante acuerdo municipal # 007 de enero 22, se crea la escuela urbana integrada FRANCISCO DE PAULA SANTANDER y el centro de adultos “PORFIRIO BARBA JACOB.”

El 4 de enero de 2000 mediante acuerdo # 072 del honorable concejo municipal fusiona el centro de adultos” PORFIRIO BARBA JACOB.” Como tercera jornada del Colegio FRANCISCO DE PAULA SANTANDER.

En 1999 y mediante la resolución de la gobernación de Antioquia # 004486 autoriza el funcionamiento del grado 6º que venía funcionando en el año de 1998.

El 24 de agosto de 1999 mediante resolución departamental # 1927 se convierte el cargo de director, en cargo de rector en el colegio FRANCISCO DE PAULA SANTANDER.

Mediante resolución departamental # 0190 de enero 19 de 1999 autoriza al funcionamiento de la Educación básica completa en la ESCUELA.URBANA. FRANCISCO DE PAULA SANTANDER; el cual se seguirá denominando COLEGIO FRANCISCO DE PAULA SANTANDER.  La resolución # 9018 de SEDUCA del 16 de noviembre del 2001 concede reconocimiento de carácter oficial a partir del año 2001 al colegio FRANCISCO DE PAULA SANTANDER y se autoriza para que en el mismo se imparta educación formal en los niveles de educación preescolar, básica, ciclo primaria grados 1º,2º,3º, 4º y 5º y secundaria grados 6º,7º,8º y 9º, además para ofrecer la educación para adultos en ciclos lectivos integrados. CLEI  I, II, III Y IV. Y nivel media técnica (grados decimos y un decimos), especialidad Medio Ambiente, bajo una sola administración.

La resolución de SEDUCA # 19145 de diciembre 20 del 2002 cambia de denominación y se autoriza ofrecer el nivel de educación media técnica.

La resolución de SEDUCA # 0598 de enero 29 de 2003 por la cual se fusionan la Escuela Urbana San Gregorio con la institución educativa Francisco de Paula Santander, quedando un solo establecimiento Educativo denominado INSTITUCION EDUCATIVA FRANCISCO DE PAULA SANTANDER